Namierzono ukryty gen w genomie SARS-CoV-2

Nowo zidentyfikowany gen - ORF3d - jest przykładem tzw. genu nakładającego się. Jest to rodzaj "genu wewnątrz genu", ukrytego w łańcuchu nukleotydowym ze względu na sposób, w jaki nakłada się na zakodowane sekwencje innych genów.

- SARS-CoV-2 i jego krewni są jednymi z najdłuższych istniejących wirusów RNA. Są więc bardziej podatne na ukryte geny niż inne RNA-wirusy - powiedział Chase Nelson z American Museum of Natural History.

Wirusy są w rzeczywistości dość podatne na geny nakładające się, więc nowe odkrycie nie jest niczym szokującym. Nie wiadomo, czy ORF3d rzeczywiście wykazuje podstęp genomowy, ale zdecydowanie jest genem trudnym do namierzenia.

Geny nakładające się są trudne do zidentyfikowania w sekwencjach genetycznych, gdyż systemy skanowania genomów często mogą je przeoczyć. W kontekście wirusów jak SARS-CoV-2 może to spowodować powstanie martwego punktu. Mimo iż wiele aspektów budowy genetycznej nowego koronawirusa zostało już poznanych, to wciąż jest wiele pytań, na które trzeba odpowiedzieć. 

- Obecność genów nakładających się naraża nas na niebezpieczeństwo pominięcia ważnych aspektów biologii wirusów. Nakładające się geny mogą być jednym ze sposobów ewolucji koronawirusów - powiedział Chase Nelson.

Jeżeli chodzi o sam ORF3d, wiele trzeba jeszcze się o nim dowiedzieć. Nie wiadomo, jaką spełnia funkcję i skąd się wziął. 

Okazuje się, że gen ORF3d został już wcześniej zidentyfikowany, ale tylko w jednym wariancie koronawirusa, który atakuje łuskowce. Został on również wcześniej błędnie sklasyfikowany jako gen niepowiązany - ORF3b - który jest obecny w innych koronawirusach. W rzeczywistości ORF3d i ORF3b to dwa różne geny.

- Te dwa geny są niepowiązane i kodują zupełnie inne białka. To oznacza, że wiedza o SARS-CoV ORF3b nie powinna być stosowana do SARS-CoV-2 ORF3d - powiedział Nelson.

Bazując na badaniach krwi pacjentów z COVID-19, naukowcy odkryli, że ORF3d wywołuje silną odpowiedź przeciwciał.