Skutki zamachu na Jana Pawła II były przez lata skrzętnie ukrywane. Prawdę ujawniono dopiero po śmierci papieża. Do dziś niewiele się mówi o drugim zamachu na jego życie.
Jan Paweł II początkowo nie zwracał większej uwagi na kult Maryi w Fatimie. Podobnie na wydarzenia, znane jako objawienia maryjne w Fatimie. Portugalski biskup, Albert Cosme do Amarala, wielokrotnie zapraszał papieża do Fatimy, ten jednak nie był zainteresowany.
Dopiero po zamachu dokonanym przez Alego Agcę, zwrócił uwagę na przepowiednie przekazane przez Lúcię Santos. Kiedy w styczniu 1982 roku portugalski biskup ponowił zaproszenie, papież nie wahał się ani chwili. Jan Paweł II postanowił podziękować Matce Bożej z Fatimy za ocalenie życia w zamachu z 13 maja 1981 roku.
Papież przyleciał do Portugalii rankiem 12 maja 1982 roku. Początkowo wszystko przebiegało zgodnie z planem: spotkał się z prezydentem António Ramalho Eanesem i przedstawicielami episkopatu. Potem odwiedził zakon franciszkanów i pojechał do Fatimy, gdzie miał odprawić mszę.
Pod sanktuarium zgromadziły się tysiące wiernych, zachwyconych wizytą biskupa Rzymu. Wśród zgromadzonych był jednak człowiek, który miał w planach potworną zbrodnię. 32-letni Hiszpan, ksiądz Juan Fernandez Krohn, postanowił zabić papieża.
Pod sutanną ukrywał długi bagnet. Przeciskał się przez tłum. W tym czasie papież prowadził procesję z Kaplicy Objawień do głównego ołtarza bazyliki. Powoli zaczął wspinać się po schodach. Krohn przecisnął się między wiernymi. Wyciągnął spod sutanny bagnet. Wbiegł na schody z okrzykiem "Precz z papieżem!" i próbował dźgnąć papieża w serce. W ostatniej chwili powstrzymał go gwardzista szwajcarski i agent portugalskich służb specjalnych.
Papież odwrócił się w stronę zamachowca i go pobłogosławił. Ten miał mu krzyknąć "Oskarżam cię o niszczenie Kościoła! Śmierć Soborowi Watykańskiemu!". Jan Paweł II ruszył do bazyliki, a zamachowca wyprowadzono. Wierni nawet nie zauważyli co się stało.
Papież odprawił mszę. Nikt nie zauważył, że dość mocno krwawi. Kilka warstw szat liturgicznych skutecznie ukryło cieknącą krew. Dopiero po uroczystościach, z zaciszu prywatnych apartamentów współpracownicy papieża zauważyli krwawiącą ranę. Przez wiele lat ten fakt był ukrywany przez Watykan. Dopiero kilka lat po śmierci Jana Pawła II, kardynał Stanisław Dziwisz, przyznał, że papież został ranny.
"Dziś mogę to powiedzieć, do tej pory utrzymywaliśmy to raczej w dyskrecji. On poranił Ojca Świętego. Niemniej w ten sposób, że Ojciec Święty mógł zakończyć całe nabożeństwo. Dopiero, gdy wrócił do pokoju zobaczyliśmy, że sutanna jest zakrwawiona, że go jednak tym nożem poranił" - mówił w 2008 roku.
Zamachu próbował dokonać 32-letni ksiądz Juan Fernandez Krohn. Tuż po wyświęceniu wstąpił do Bractwa Kapłańskiego Świętego Piusa X, stowarzyszenia założonego przez Marcela Lefebvre. Jego zwolennicy uważali, że wewnątrz Kościoła katolickiego trwa potężny kryzys, którego apogeum przypadło na Sobór Watykański II. Bractwo odrzuciło więc postanowienia soboru. Wprost też krytykowało działania papieży.
Krohn chciał pójść o krok dalej. Został wyrzucony z bractwa. Oficjalnie w związku z nieposłuszeństwem wobec przełożonych i podejrzeniem o zaburzenia psychiczne. Potwierdziło się to podczas procesu. Oskarżył Jana Pawła II o szpiegostwo na rzecz Związku Socjalistycznych Republik Radzieckich. Potem zaczął obrażać sąd. Do pięciu i pół roku za próbę zamachu, dołożono mu sześć miesięcy za obrazę sędziego.
Wyszedł z więzienia po trzech latach. Porzucił sutannę, ożenił się z portugalską dziennikarką i wyjechał do Brukseli, gdzie pracował jako prawnik. Jego niestabilność psychiczna dała o sobie znać w 1996 roku, kiedy podpalił w brukselskim oddziale partii baskijskiej Herri Batasuna. Znów trafił do więzienia.
Po wyjściu zza krat niezbyt długo przebywał na wolności. W 2000 roku aresztowano go podczas nieudanej próby zamachu na króla Belgii, Alberta II i króla Hiszpanii, Juana Carlosa I. Belgijski sąd skazał go na pięć lat więzienia.
Przeprowadzono kolejne badania psychiatryczne, które ustaliło, że Krohn nie jest niebezpieczny dla społeczeństwa i ponownie został zwolniony. Na swoim blogu opisał zamach jako "ofiarę" dla zbawienia Kościoła i Hiszpanii. Oświadczył także, że jest "narodowym katolikiem". Powiedział, że nie jest szalony i nie żałuje swojego czynu, choć obecnie by go nie powtórzył, ponieważ jego poglądy ewoluowały.
O papieżu Franciszku pisze, że jest "prorokiem nieszczęść, zaprzysięgłym wrogiem Europy i zdrajcą tradycji". Nadal mieszka w Brukseli i posiada wielu zwolenników na całym świecie.