Nowa technika mapowania RNA. Pozwoli odkryć sekret geniuszu Einsteina?
Chińscy naukowcy z BGI-Research wraz z partnerami opracowali Stereo-seq V2, czyli zaawansowaną metodę transkryptomiki przestrzennej, która pozwala analizować długo przechowywane próbki biologiczne, wcześniej uważane za bezużyteczne. Nowa technika pozwala na mapowanie RNA w pojedynczych komórkach, nawet w tkankach przechowywanych w złych warunkach przez niemal dekadę.
Tradycyjne próbki biologiczne są przechowywane w blokach formalinowo-parafinowych (FFPE), które stabilnie trwają przez dekady, lecz często są chemicznie uszkodzone. To ograniczało możliwość analizy DNA i RNA, a w szczególności tego drugiego, które odgrywa kluczową rolę w przekształcaniu informacji genetycznej w białka.
Jak działa Stereo-seq V2?
Nowa metoda znacząco poprawia wydajność wychwytywania RNA, stosując chemikalia typu Random-Primed, dzięki czemu możliwe jest pełne odwzorowanie genów, nawet w zdegradowanych próbkach. W testach naukowcy byli w stanie zidentyfikować podtypy nowotworów oraz reakcje układu odpornościowego w starych tkankach nowotworowych.
Zastosowania w medycynie i badaniach nad rzadkimi chorobami
Stereo-seq V2 nie ogranicza się jednak do onkologii, technologia pozwoliła już na jednoczesną analizę RNA gospodarza i mikroorganizmów w badaniach nad gruźlicą, dając wgląd w interakcje patogen-układ odpornościowy w czasie.
Według Li Yanga, współpracownika badawczego w BGI-Research, nowa metoda umożliwia wykorzystanie rzadkich, długo przechowywanych próbek, co jest kluczowe w badaniach nad rzadkimi chorobami, gdzie zebranie materiału wymaga wielu lat. Takie podejście może przyspieszyć diagnostykę, umożliwić bardziej spersonalizowane leczenie nowotworów i prowadzić do retrospektywnych badań w archiwach szpitalnych.
A pojawiają się też inne pomysły, bo może można ją wykorzystać, aby przebadać zachowany mózg Alberta Einsteina, pocięty na 240 bloków i przechowywany od jego śmierci w 1955 r., w poszukiwaniu wskazówek dotyczących komórkowych podstaw jego geniuszu? Mózg fizyka został zakonserwowany w latach 50. XX wieku, długo przed rozwojem nowoczesnych metod genetycznych, więc jego przydatność do badań stanowi sporą niewiadomą, ale jak dodaje Li Yang:
Jeśli będziemy mieli szczęście przeanalizować mózg Einsteina, moglibyśmy spróbować, choć wyzwania są ogromne, bo techniki konserwacji sprzed lat były znacznie mniej zaawansowane.
