SARS-CoV-2 był w Europie wcześniej, niż myśleliśmy
SARS-CoV-2, czyli koronawirus wywołujący COVID-19, może być w Europie znacznie dłużej, niż do tej pory sądzono. Ostatnie badania sugerują, że krążył on we Włoszech już w grudniu 2019 r. Co bardziej zaskakujące, naukowcy z Uniwersytetu w Barcelonie natrafili na ślady wirusa podczas testów nieoczyszczonych próbek ścieków z 12 marca 2019 roku. Jak to możliwe?
Jednym z pierwszych odkryć dotyczących SARS-CoV-2 był fakt, że wirusa można znaleźć w kale zakażonych osób. Kiedy patogen przedostaje się do jelita - gdzie może powodować objawy żołądkowo-jelitowe - traci zewnętrzną warstwę białek, ale fragmenty materiału genetycznego przeżywają "podróż" w nienaruszonym stanie i trafiają do kału. Zgodnie z obowiązującym stanem rzeczy, w takiej postaci SARS-CoV-2 nie jest już zakaźny.
Fakt, że fragmenty RNA SARS-CoV-2 można znaleźć w nieoczyszczonych ściekach jest przydatny do śledzenia wybuchów epidemii. Na tej podstawie faktycznie można przewidzieć, gdzie wybuchnie epidemia za tydzień lub 10 dni.
W związku z tym, wiele krajów, w tym Hiszpania, monitoruje obecnie ścieki w poszukiwaniu śladów koronawirusa. Epidemiolodzy przebadali zamrożone próbki ścieków z okresu od stycznia 2018 r. do grudnia 2019 r., aby sprawdzić, kiedy koronawirus faktycznie pojawił się w Barcelonie.
Znaleziono dowody na obecność wirusa 15 stycznia 2020 r., czyli 41 dni przed ogłoszeniem pierwszego oficjalnego przypadku COVID-19 w Hiszpanii. Wszystkie testowane osoby przed tą datą były negatywne, z wyjątkiem próbki z 12 marca 2019 r., która dała pozytywny wynik na obecność SARS-CoV-2.
W testach koronawirusowych zwykle sprawdza się więcej niż jeden gen. W tym konkretnym przypadku naukowcy przetestowali trzy. W marcu 2019 r. uzyskali dodatni wynik w jednym z trzech badanych genów - RdRp. Badano dwa regiony tego genu i oba zostały wykryte w 39. cyklu amplifikacji PCR. Warto wspomnieć, że testy PCR stają się mniej "specyficzne" wraz z rosnącą liczbą cykli amplifikacji - zazwyczaj stosuje się 40-45 rund amplifikacji. Mówiąc inaczej: w im wcześniejszej fazie materiał genetyczny zostanie namierzony, tym większe prawdopodobieństwo, że pochodzi on od poszukiwanego obiektu.
Istnieje kilka wyjaśnień tego tajemniczego pozytywnego wyniku. Jednym z nich jest to, że SARS-CoV-2 jest obecny w ściekach na bardzo niskim poziomie. Inna możliwość mówi, że próbka została przypadkowo zanieczyszczona koronawirusem w laboratorium (czasami się to zdarza). Możliwe także, że w próbce znajduje się inne RNA lub DNA, które jest na tyle podobne do materiału genetycznego wirusa, że daje pozytywny wynik w 39. cyklu amplifikacji.
Konieczne jest przeprowadzenie dalszych badań w celu stwierdzenia, że próbka faktycznie zawiera SARS-CoV-2. Nie zgadza się to z danymi epidemiologicznymi dotyczącymi wirusa. Nie odnotowano wzrostu liczby zachorowań na jakiekolwiek choroby układu oddechowego w populacji po dacie pobrania próbki.
